Hola:
Bueno, hice un ejemplo que crea un fichero nuevo con los pixeles nuevos solamente:
Pixelator
El array javascript se crea vacío, y al volcado cambia los "pixeles undefined" por un valor 1, y en la creación de la imagen, los pixeles con color 1 se consideran transparentes... La nueva imagen que se crea es un bmp, y en teoría podría usarse como icono (favicon)
Saludos