Ups....
Han de disculparme, pero están en un gran error.
Yo he preparado HD´s de hasta 250Gb en FAT32 para instalación de Windows XP sin falla ni traba de ningún tipo. Y creo se soportan particiones de mayor tamaño a éste mencionado.
Lo que ha de suceder, es que quizá el disco duro nuevo tiene puesto un jumper que limita la capacidad de éste a los 32Gb (para casos de instalar en equipos que no detectan la capacidad completa).
Revisa esos jumpers.... sólo basta con que remuevas el que hace ese boqueo.
Y en caso de que ya tengas un S.O. instalado, instala algun gestionador de partciones para que expandas la ya existente, o crear partición extendida y generar otra unidad lógica. No debe haber problemas.
Saludos.