JoshMex, creo que patylca se refiere a como saber si su server esta infectado con algun troyano o malware.. no a su PC doméstica ( al menos eso he interpretado ).
Si estas usando Linux, y tienes root por ssh en el server, corre los siguientes comandos:
Luego de eso, corre
"rkhunter --update" y finalmente
"rkhunter -c" para comenzar el escaneo de tu server. Puedes probar otras herramientas de diagnóstico, como
chkrootkit también.
Un saludo!