Cuando tu abres tu navegador y le das a: Ver > Código fuente
¿qué te aparece? ¿te aparece el include o te aparece tal y como deseas que lo vea el robot de google?
Muy seguramente verás el código fuente equivalente a una página html con "los includes hechos". Me refiero a "hechos" con, por ejemplo, tu tienes tu código php:
Código PHP:
include("header.php");
Entonces, en el navegador, código fuente, no verás include("header.php"); porque eso ya se ha procesado en tu servidor y éste muestra el código html tal y como llega al usuario o al robot. Así que en PHP seguro que el include no afecta negativamente en el posicionamiento, ni a los robots.
Otra cosa es el "include" del html, ese no lo he usado aun y no se como funciona
(uso php casi siempre), pero si planteas la primera pregunta que te formulé saldrás de dudas.
Si tu ves como código fuente lo que equivale jsutamente a la página web entera, entonces google indexará TODO el contenido, el de la página y el de los includes.
Espero que fuera ésta la duda, sino volver a preguntar
Saludos,
ArgoN