Bueno en realidad es bastante simple,
Tenés que hacer una consulta para verificar si quedan libros de la sección que eliminas. Si la consulta tiene aunque sea una fila, significa que hay cosas por borrar. si no, vas a la página de exito.
Para eso primero obtienes primero el nombre literal de la sección. (y dejame decirte que no tiene mucho sentido tener dos tablas relacionadas si en la tabla de libros en vez de poner el ID de la seccion, pones el campo varchar llamado seccion". No es eficiente, tenlo en cuenta

)
Código PHP:
//buscas el nombre de la seccion y lo almacenas en $fila['seccion']
$resultado = mysql_query("SELECT seccion FROM secciones WHERE idseccion = ". $id);
$fila = mysql_fetch_assoc($resultado);
//luego usas ese nombre para ver si hay libros en esa sección
$resultado = mysql_query("SELECT idlibro FROM libros WHERE seccion = '".$fila['seccion']."' LIMIT 1");
//conque encuentre algo basta,
if (mysql_num_rows($resultado)) {
//acá va el codigo de borrar filas
}
else {
//aca va el codigo de redirección, porque no encontró nada
}
Espero que te sirva. Te recomiendo que veas algunos tutoriales para entender como relacionar tablas usando joins (y usando "ids" en vez de campos con valores como varchars).
Un saludo.