Prueba esto:
en B crea una función que haga
Código:
function cerrarVentanaPadre() {
window.parent.close();
}
Y en C llama a la función de B del siguiente modo:
Código:
window.parent.cerrarVentanaPadre();
Lo que no recuerdo es si al cerrar la ventana A se cierran las demás, creo que sí, pero si no las cierras después de cerrar la padre correspondiente.
De todos modos no parece una forma muy eficiente de hacer las cosas, quizás te convenga más tener un DIV oculto en B para la consulta?
Salu2