Hola falonpla, el codigo lo puse ahi solo para que veas donde estaba el error (llamemosle asi al IE) más acerca de los comentarios condicionales, hacks:
http://www.quirksmode.org/css/contents.html, tambien puedes colocar el codigo en un style interno entre los head si es pequeño y si es el unico cambio, igual al ejemplo o en otro css que es lo mejor si tu sitio no se ve correctamente en IE, puedes llamar a este nuevo codigo ccs_ie.css o algo asi.
Un pequeño consejo, para que des cuenta de cual es el error en este caso cuanto espacio de margen hay, coloca un background-color: lime, fucsia ...etc a los div, colores que te permirtan ver donde esta el error y cual puede ser la solucion.
Espero que sea util.
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Gracias.