yo despues de q registro el usuario genera una id de verificacion q la incluyo en la bd y despues un archivo q compruebe q la id de usuario corresponde a la id de verificacion y actualiza el campo de activada por si
se manda este link a la correo:
<a href="http://www.tudominio.com/activar_cuenta.php?id='.$idcuenta.'&idverif='.$idv erif.'" target="_blank">Activar Cuenta </a>
salu2