Holas, creo que tu problema reside en que no estas escapando las comillas, te pongo un ejemplo:
Código PHP:
<div><input type="text" name="nombre" id="idNombre" /></div>
Si deseas ingresar esto en un campo BLOB o TEXT deberias realizar un insert mas o menos asi:
Código PHP:
INSERT INTO tabla VALUES("<div><input type=\"text\" name=\"nombre\" id=\"idNombre\" /></div>", ...)
la mayoria de los lenguajes te proporcionan herramientas para escapar caracteres, en ultima caso puedes hacerte una funcion con expresiones regulares para poder escapar todos los caracteres necesarios, saludos, cya