Si existe un campo comun entre las dos tablas lo puedes hacer:
1. con INNER JOIN DE MySQL
2. Lo que yo hago porque el esa sentencia no la domino, y tal vez los puristas del php se enojen pero ni modo.
Puedes recorrer las dos tablas con un algoritmo de burbuja e ir generando la salida que necesites, un xml, txt, etc. Pero eso si debes tener ya conoscimientos de php y mysql, minimo lo que tengo yo que es como unn nivel abajo del basico, pero con eso alcanza.
Saludos