SAludos
Cita: ¿puedo ejecutar eso en un server que no es mio?
debes tener en cuenta que para ejecutar este comando debes tener acceso como root al servidor al igual que tener guardado tu archivo a ejecutar dentro de el.
Cita: ¿puedo modificar el cron desde php?
el cron se ejecuta desde linea de comandos por lo tanto php ahi no puede hacer nada!