A mi eso me funciona e ignoro si sera que a ti te falla por algo de configuracion de tu servidor (algo de eso lei por google). Pero si tan preocupado te tiene el asunto y estas apurado, colocar un enlace seria una alternativa... total, al ser un .zip, lo unico que hara es da rla opcion de descargarlo.
Código PHP:
<a href="<?php echo $Libro;?>">Descargar</a>
Tambien podrias usar el input que ya utilizas, pero como link al igual que el ejemplo que coloque. Creo que ahi tendrias que hacer algo con javascript.
Salduos.