Maquetar includes

[NUCKLEAR]

acerca de hacer la llamad a la hoja css desde cada archivo que vas a insertar en la pagina principal es valido pero muy poco recomendable si los tienes en una carpeta aparte, ya que al hacer un include en una pagina php esta se muestra como si fuera un solo archivo, que complicado de explicar...
un ejemplo
tenemos un index.php , y en una carpeta contenidos/ tenemos un menu.inc(donde esta el menu con el enlace a la hoja css que supongamos que esta en la misma carpeta), pues bueno en tu index.php haces el include a la pagina menu.inc, entonces la ruta de acceso a la hoja cambiaria.. tendrias que cambiar la ruta a "contenidos/*.css" no se si me explico bien. particularmente yo hago la llamada a las distintas hojas css desde la pagina principal, es decir en tu index.php llamarias a las hojas que necesites, luego hacer los includes necesarios solo asi te aseguras que todos los includes tengan acceso a las clases css que necesiten.
Saludos, espero me haya explicado bien.