¿Hasta cuándo se seguirá usando el término "capas"? Creo que esto nació del elemento no estándar introducido por Netscape hace unos años: layer, y no guarda relación alguna con el uso de CSS para diseñar páginas web.
Al diseñar con XHHTML y CSS se habla de estructura y elementos en las páginas, que pueden ser inline (como img o span) o block (como p o div).
Aún cuando lo escribí hace más de dos años creo que las ideas en este
artículo sobre estándares web siguen siendo relevantes a tu consulta. Dale un vistazo.
Si no entiendes los beneficios de usar CSS probablemente sea porque nunca te has encontrado con un caso en que tengas que modificar la apariencia de muchas páginas web en el menor tiempo posible.