"mi pregunta es si dejar habierta la conexion desde el principio. o por ej. cada vez que hago un alta de empleado, conectarme hacer el insert y cerrar la conexion."
Claro. Yo no sé C (espero aprenderlo pronto

. Pero más o menos el pseudocódigo sería:
abrirConexion(datos de la conexión: servidor, usuario, contraseña)
for ($i=0;$i<longitud(array);$++) {
consulta("INSERT campo value('$array[i]')")
}
cerrar conexion;
...suponiendo que guardes los datos en una array asociativo, aunque los detalles son cosa tuya