kalili, deberás debugeuar tu script...como? con simples echos (imagino que no le pusiste que te envíe mails ya sin antes proberlos, bambardearas a varias personas si así lo estas haciendo, para estos procesos tenes que tener un poco de cuidado).
Arranca haciendo algo como:
Código PHP:
$filename = $_SERVER['DOCUMENT_ROOT']."/beheer/excel/".$_GE["filename"];
$handle = fopen("$filename", "r");
while (($data = fgetcsv($handle, 1000, ";")) !== FALSE) {
print_r( $data ) ; exit; #Cortamos el script y veremos que tiene data primero.
$query = "INSERT INTO estudiantes VALUES ('". implode("','", $data)."')";
#Envias el email acá, y si necesitas mandarle el código de registro lo obtenes de mysql_insert_id();
mail($data[1], ...);
$query = @mysql_query($query,$database);