Si se puede, pero debes de quitarle todo eso de <head> y <body>, que se vea solamente asi:
Código:
<a href="http://www.foss.uni.cc/index.php" target="_blank" onclick="window.open('http://www.foss.uni.cc/index.php','win2','status=no,toolbar=no,scrollbars=yes,titlebar=no,menubar=no,resizable=yes,width=640,height=480,directories=no,location=no'); return false;" title=".:: FOSS ::.">
<img src="http://www.foss.uni.cc/images/foss_logo.png" alt=".:: FOSS ::." name=".:: FOSS ::." align="middle" border="0" /></a>
De hecho con el mismo editor de Articulos que trae Joomla. al momento de ingresar un Link, te da la opciòn de que sea un Pop-up ;)