Los problemas que mencionas no me parecen tanto, son comunes al resto de foros... Es decir si tu base de datos ocupa 100 MB ya puedes tener un phpbb, un smf o un vbulletin, que el backup te va a ocupar un huevo y te va a costar un huevo restaurarlo
Los verdaderos problemas de phpbb2 son la falta de innovación (sólo se dedican a solucionar fallos), el spam que los inunda y los constantes fallos de seguridad que quieran arreglar o no.
Pongo un ejemplo muy claro. Es sabido desde hace mucho que los bots spammer son capaces de saltarse la confirmación visual que aparece al registrarse un usuario. Esto sucedía con la versión 2.0.21. ¿Y qué sucede al salir la versión 2.0.22? Que arreglan algunos fallos pero no éste, a pesar de que la solución es tan simple como cambiar el captcha y de hecho existen mods para ello. En consecuencia los phpbb2 en su última versión también se siguen inundando con spam.
Yo usaba phpbb2 hasta octubre pasado que decidí mudarlo a smf, y estoy mucho más que satisfecho con él. No he probado el nuevo phpbb3 pero como siga el mismo camino que el phpbb2 le auguro un mal futuro.
