Forzar carga HTML antes del javascript

[atl11cat]

Hola a todos,
tengo una questión. Saber si se puede forzar la carga de código html antes de que se ejecute un javascript??
Me explico,
tengo una página principal index con un menú en un div que al darle a uno de los botones me carga, mediante ajax, un contenido html en el div principal de la página con la instrucción innerHTML. Hasta aquí todo ok. El problema viene porque este contenido és un grid de datos que requiere un codigo javascript autoejecutable que tengo en un fichero "codigo.js". Que lo cargo tambien en el header dinamicamente. Al probar el funcionamiento me sale un error de que no se encuentra el objeto (no encuentra el codigo que he introducido con el innerHTML). Aunque ponga las lineas innerHTML antes de cargar el javascript en el head.
De ahí mi pregunta de si se puede forzar de alguna manera que cargue el HTML antes de autoejecurar el javascript.
Muchas grácias.