desventajas con respecto a que? ¿con iframe? o con ¿require()? o inclusive con include_once() y require_once()?
con respecto a los iframes creo que no hay, al contrario puras ventajas(esto para mi, me imagino que alguién tendra otra opinion), con respecto a los demás pudierán "NO" verse como desventajas, solo es cuestión utlizarlo a tus necesidades, aqui las diferencias para que te des una idea
http://www.php-es.com/function.include.html, y con respecto a que hace mas lento el servidor, no lo creo, si fuera así nadie lo usaria ¿no crees?
pero en fin, ojala y te ayude el texto a aclarar tus dudas.
saludos.