Podrias mostrar el codigo que utilizas para mostrar en el input? Te deberia quedar asi para no tener ese problema:
Código PHP:
<input type="text" name="campo" value="<?php echo $row["campo"];?>">
Fijate que todo el codigo php esta entre comillas, eso hara que cuando se imprima el valor del campo, quede asi:
<input type="text" name="campo" value="esta es mi empresa">
Saludos.