Como te explico, esto es posible solo si usas algun patron de diseño, con un boot file.
En el boot file, haces tu include inicial y luego pones a correr la aplicacion, te pego como le hago en mi framework:
Código PHP:
require( $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . "/librariesv5/base.php" );
Gecko::run();
la funcion run(), se encarga de levantar todo el ambiente, incluir el archivo de configuracion XML, parsearlo y correr el controlador que se requiere via parametros GET, y ejecuta la accion que se necesita.