Sí hay diferencia. El tracker no necesariamente hospeda el material, solamente hace las veces de "asistente" del proceso.
Tienes una explicación más detallada en Wikipedia:
http://en.wikipedia.org/wiki/BitTorrent_tracker
Por ejemplo, HE.net ofrece ese servicio:
http://www.he.net/faq/bittorrent.html
Saludos.