Tu mismo has dado la solución:
Cita: O bien q fuese el programa perl q corre en system que cuando acabase enviara resultados por e-mail, ¿no?
o pedir a la web que hiciera un reload de vez en cuando para ver si los resultados ya están....
Eso requiere que tengas varios programas:
* Un CGI para recibir las órdenes y lanzar los procesos. Devolvería al usuario una página indicando si se arrancó bien.
* Un CGI para comprobar el estado de los procesos. Según lo que hagan tus programas, puede informar de la presencia de los programas corriendo o de los ficheros resultado. Esta parte es interesante porque se podría hacer con CGI::Ajax para hacer una recarga en tiempo real en la págin web del usuario.
* Un CGI para bajar los resultados.
Si nos damos cuenta... se puede realizar todo con el mismo CGI. Todo depende de las opciones que elijas en el formulario, el CGI podrá responder de una forma o de otra.