José,
Desde el ssh, logueado como root, corre los siguientes comandos:
Código:
/scripts/fixquotas
/scripts/fixeverything
Ten en cuenta, que principalmente, el primer script, puede que demore mucho tiempo, pero hasta que no te de la respuesta que ha finalizado, no canceles la ejecución del mismo.
Luego de esto, reinicia cPanel:
Código:
/etc/init.d/cpanel restart
Y prueba a ver si ya se ven bien.
Un saludo!