Posiblemente los archivos estén ocultos, para ello activa la opción
Ver Archivos Ocultos y también te dejo un enlace para que reinicies en
Modo Seguro
Por favor pega un reporte de Kaspersky para saber de que se trata, sino deseas pegar todo el reporte pega las rutas exactas de los archivos infectados.
Saludos