mas o menos la idea la tienes...
lo que debes hacer es configurar el dns en el server 2000 y ahi mismo configuras los fowards que son los dns de tu ISP, en el router debes deshabilitar el dhcp y poner los parametros IP en tus clientes de manera manual, como dns pondras el IP de tu servidor (si siempre estara encendido) si a veces lo tendras apagado entonces metes como primer DNS el IP de tu server y como segundo y tercero los de tu ISP.
te dejo un link de la configuracion del DNS espero que te ayude.
aqui