en netbeans, agrega el jar que hayas bajado del conector de mysql al proyecto, eso lo haces en la pestaña de proyecto y en libraries y le picas botos derecho y le pones agregar jar y despues pones la conexion tal y como lo pusiste en el ejemplo:
Cita: conexion=DriveManager.getConnection("jdbc:mysql://localhost:3306/nombrebd")
no importa donde se guarden tus bases de datos, este url de conexion le indica a java quien es el servidor y que base de datos va a usar
espero que te haya servido