Hola, haciendo unas practicas, tuve que ingresar dentro del popup un codigo html, algo asi (como para darte una idea):
Código PHP:
var miPopup = window.open("","","width=300, height=300");
miPopup.document.write("<html><head><title>Mi titulo</title></head><body>Mi contenido</body></html>");
Me imagino que habrá algun metodo mejor, pero es cuanto puedo ayudarte amigo.
Saludos