¿Cómo "con código PHP"?, ¿cuál es tu idea?.
PHP es un lenguaje del lado del servidor, entender eso... el reloj (que es lo que es) se hace con JavaScript o algún otro lenguaje del lado del cliente, si intervendría PHP o un lenguaje del lado del servidor sería solo para pasarle los parámetros para mostrar la hora del propio servidor y no más.
El cómo realizar dicho reloj, tanto mostrando la hora del cliente como la del servidor (PHP+JavaScript) lo encuentras en el foro de JavaScript; reviza las FAQ

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