Teoricamente cuando hablan de la profundidad, se refiere al numero de subdirecotrios en los que meterse, por ejemplo:
Código:
/raiz
|---/Directorio1
|---/Directorio2
| |--/Directorio21
| |--/Directorio22
| |--/Directorio23
El Directorio23 estaria en la profundidad 3, ya que su ruta real seria /Directorio2/Directorio22/Directorio23
Y el tema de los links, lo que suele hacer es ir siguiendo los enlaces de la página para ver a donde van y meterse dentro.