Me parece este es un tema más del foro de PHP que de Linux... tanto PHP, Apache y MySQL son multiplataforma, funcionan tanto en Windows como en Linux (y demás). Es poco probable el problema se deba al SO utilizado (dije
poco probable).
Primero... primero
saber exactamente cuál es el problema. Así como lo planteas podría ser incluso el no poder copiar los archivos... ¿?.
Otra cosa --siguiendo el comentario de Defero--, ojo con las barras (C:\Windows - /home/)
.
