Cita: se genera un script que se pasa al final de la página en el html (<%= script %>) para que se ejecute;
porque no registras mejor tu script con clases del framework...
prueba haciendo ésto:
framework 1.1
Cita: Page.RegisterClientScriptBlock("msg",script)
framework 2.0
Cita: Page.ClientScript.RegisterClientScriptBlock(Page.G etType(), "msg", script, True)
Salu2