Lo que puedes hacer en este caso es enviar desde el servidor un XML en el cual uno de sus nodos es tu código JS, otro el contenido a colocar en tu body y otro tu contenido CSS (si hicieran falta). En este post
http://www.forosdelweb.com/f127/javascript-ajax-452271/ se ha hablado de cómo ejecutar un JS traído mediante AJAX y también puedes encontrar en el foro soluciones para CSS.
Saludos.