Con esta consulta sustituiras el cod_ciudad que tienes por aquel que se corresponda con el que haya en ciudades siendo el el nombre de la tabla clientes el mismo que el de la tabla ciudad que creo es lo qu buscas.
Para borar los nom_ciudad, simplemente elimina el campo es lo más rápido sino haz un DELETE nom_ciudad FROM clientes
Te dejo aqui la consulta
Código:
UPDATE
clientes,ciudades
SET
clientes.cod_ciudad = ciudades.cod_ciudad
WHERE
clientes.nom_ciudad = ciudades.nom_ciudad
Un saludo