Hola
jesusito
JavaScript se ejecuta en el cliente y no tiene acceso al servidor que es donde se ejecuta PHP.
Tendrías que volver a llamar a la página PHP y pasarle la variable por formulario o por un enlace.
También puedes darte una vuelta por el foro de AJAX, creo que por allí también podrías encontrar una solución.
Saludos,