Buenas.
Mira la decicion es muy simple
...
¿te gusta realmente programar?
¿te gusta quemarte las pestañas investigando?
Si la respuestas a todas esas preguntas es si elige JAVA.
Si no .NET es tu eleccion ya sea VB.NET o C#.NET si lo que quieres es ir al grano y hacerte la vida mas fasil debes elegir .NET
Ahora ahy otro punto importante un programador en JAVA tiene menos campo laboral pero gana mucho mas que uno en .NET
Por lo menos ese es el caso que se da aqui en Chile.
En comparacion de poder entre las plataformas las dos son muy completa. la unica diferencia seria a la hora de realizar las cosas. en (JAVA) es siempre mas dificil que .NET ya que los ejemplos son mas limitados, encambio .NET Buscas en la ayuda y ahy esta todo :P
Personalmente me encuentro trabajando en .NET pero me justa mas JAVA.