Una cosa que se me ocurre es que asignes un ID a lo que cargas con innerHTML, y después compruebes si el elemento existe:
Código:
if( document.getElementById('elID') )
document.getElementById('NombreCapa').innerHTML = variable;
Otra forma sería hacer la comparación pasando todo a mayúsculas:
Código:
if(document.getElementById('NombreCapa').innerHTML.toUpperCase() != variable.toUpperCase() )
document.getElementById('NombreCapa').innerHTML = variable;
Me inclino por la primera forma, la segunda más chapucera.
Salu2