No, los comentarios condicionales tienes que incluirlos dentro del código HTML:
Código HTML:
<style type="text/css">
#div_contenedor{
min-height: 100px;
}
</style>
<!--[if lte IE 6]>
<style type="text/css">
#div_contenedor{
height: 100px;
}
</style>
<![endif]-->