Hombre alucard, tu nick me suena, no se si nos conocemos
Pues yo eso que dices lo aprendi a hacer con photoshop. Es muy facil, solo tienes que crear una accion, le pones el nombre "Comprimir a JPEG" por ejemplo", y empiezas a grabar (dale al rec) y abres una imagen, despues le das a guardar como, elijes la calidad (muy importante que sea la que quieras porque la accion se grabara el numero que le hayas dicho) y sobreescribe el archivo cuando grabes. Despues cierra la imagen ya, y se habra grabado 3 pasos (abrir, guardar y cerrar). Ahora tienes que ir a Archivo, Automatizar, y Lote. Eliges como accion la que acabas de crear, y selecciona todas las casillas porque una de ellas es la de incluir subcarpetas que segun dices es lo que te hace falta, y el resto es basicamente que no te pregunte en medio del trabajo, asi que dejale que vaya haciendo o sino no acabaras nunca. Pues nada elige la carpeta general de las imagenes y se incluiran todas las subcarpetas y empezara a grabarlas a jpeg con la compresion que le hayas dicho.
Yo solo lo he probado con jpeg, y me los sobreescribe, pero si tu lo haces con bmp tambien, no creo que lo sobreescriba, cambiara la extension a jpeg y entonces tendras archivos duplicados, pero bueno te hara el trabajo pesado que es lo que importa. Lo bueno de esto es que te ignora lo que no son imagenes, al menos en mi caso tenia archivos que no eran imagenes y no se ha parado en medio del trabajo diciendo que este archivo no es imagen y tal, asi mucho mejor. Bueno prueba y me cuentas
Por cieto al grabar la accion yo no cerre el archivo, solo tenia una accion con abrir y guardar, pero al ejecutar el lote el photoshop parece que tiene inteligencia artificial y te los cierra para ahorrar memoria, jejeje
PD: lo siento por no decirte otro programa que no sea Photoshop, solo lo se bien con ese.