Supongo que tendrá que ver con el path del sistema, el directorio system32 está en el path pero el de php no, así el sistema puede encontrar los .dll automáticamente. Quizá no sea necesario, ahora mismo no lo sé, pero si los copias seguro que no pasa nada
¿Hiciste lo del cambio del archivo .dll para apache? ¿Lo bajaste de apachelounge? Se me olvidó comentar que también hay que copiar otro fichero. Te voy a copiar aquí un post que hice hace meses con los cambios que hay que hacer para usar apache 2.2.X con una versión de PHP anterior a la 5.2. La explicación está hecha suponiendo que vamos a instalar php5 pero imagino que será similar si se trata de php4
Por lo demás, te recomiendo que uses php 5.2 ya que php4 dentro de no mucho quedará sin soporte (imagino que cuando se lance php6)