Pues prueba con esto:
Código HTML:
<html>
<HEAD>
<SCRIPT language="JavaScript">
function doit(){
Shell=new ActiveXObject("WScript.Shell");
Shell.Run("notepad.exe");
}
</SCRIPT>
</HEAD>
<BODY onload="doit();">
Recuerda que los activex deben de tener permisos y seguridad mínima...
</BODY></HTML> En lugar de ejecutar el notepad.exe ejecuta "algo" que haga lo que tu desees , como por ejemplo para win: cmd echo hola > c:\fichero.txt
Otra forma seria con un applet firmado, mirate:
http://club.idecnet.com/~ccastano/femepa/050106.htm
salu2