Hola:
Eso mismo está en las FAQs... si es un formulario debes abrir la ventana en blanco antes que el envío desde el evento submit (onsubmit)... con el target del form coincidiendo con el nombre de la ventana... y los datos se envían correctamente.
También puedes verlo en este artículo:
Formularios y enlaces dirigidos a ventanas
Saludos