MMM mira no se si ya antes hiciste esto:
Código PHP:
session_start();
session_register("EEEE");
$_SESSION["EEEE"] = true;
con esto inicializas una sesion por cada persona que entre a tu sistema o pagina y asi no deberia de haber problemas.
Ahora hay otra opcion dices que cuando entras al modulo A recoges valores mmm pero no dices si despues de recoger esos valores vas a un modulo B poe ejemplo si es asi donde debes utilizar el unset es en el modulo B y no en el modulo A para evitar que cuando alguien entre te se aplique el unset y si cuando se entre al modulo B.
Pero io creo que es mas con la inicializacion de una sesion por persona...tampoco dices si haces o no un login es decir que la persona se logee y tu la buscas en tu base de datos y si la persona esta en la base de datos inicializas una session para ella y asi sucesivamente.....
eso es lo que io creo y en lo que te puedo ayudar da mas informacion y con gusto si puedo t ayudo...Suerte Saludos.