Para quitar el fondo rojo debes hacer un Chroma key... Qué soft manejas de edición de video o post, para explicarte (en caso de que conozca el soft) cómo hacerlo.
Lo de los png con alpha chanel, te refieres en el Particle ?? de ser así, al momento de exportar, cuando escribes el nombre del archivo de salida, selecciona el tipo de archivo PNG y luego en las opciones seleccionas usar el canal Alpha.
