La menera que dice erlingfiallos es la que uso por el mismo problema que estas teniendo actualmente.
No se una solución directa a tu problema para que soluciones esto de manera masiva, pero intenta jugar y hacer unas pruebas con las funciones de buffer.
Referencia:
http://ar2.php.net/manual/es/function.flush.php (y todas las del menú izquierdo)