Con tanta pruebecita yo sólo me he liado, realmente no es tan grande el hueco que muestra IE, en este caso era debido por el fichero .css que hice con width:637px; de tal forma que ahora con la resolución mayor aparecían semejantes espacios x'D
Lo que haré finalmente será quitar este archivo .css y aunque quede un pequeño espacio, será el mismo para todas las resoluciones, y curiosamente el tamaño es el de un scrollbar, ¿se podría desactivar para IE que aparezca el scrollbar vertical? igual así desaparece el dichoso espacio finalmente...
--EDITO--
Efectivamente el espacio aparecía en IE por el scrollbar, lo he desactivado con scroll="no" en el body, y fin del "problema"