Para hacer funcional código JavaScript traido de manera asincrónica se han visto ya bastantes alternativas por el foro. Particularmente uso esta:
http://www.forosdelweb.com/showpost....83&postcount=7 donde en un XML envío en nodos separados la información JS de la HTML (y CSS si fuera necesario). Por otra parte también un usuario ha hablado de una "forma de utilizar AJAX" en la cual puedes realizar este procedimiento de manera quizá mas sencilla (no he leído su artículo aún); puedes encontrar información al respecto en su sitio:
http://leimnud.info
Saludos y feliz año.