Uy, pues eso de usar como ensamblador a Flash para video

no va nada bien... Lo ideal acaso sería crear la película en Flash, exportarla como quicktime con canal alfa y esa película ponerla en una capa superior de tu video, pero usando un editor de video. Si no te respeta el canal alfa, debes crear una transición de capa tipo "screen", que ya es algo más técnico... Para cosas así Yo utilizaría After Effects o Combustion, para obtener resultados 100% favorables, además, con el mismo After puedes hacer infinidad de effectos que nisiquiera Flash podría pensar hacer (y no hablo del uso de Action Script)...
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Espero te oriente un poco esta respuesta.