Para hacer la llamada a un archivo JS tienes que hacerlo con
Código:
<SCRIPT language="javascript" src="TUARCHIVO" type="text/javascript"></SCRIPT>
Y desde el programa, tienes que darle a la pestaña HTML y dentro al icono que pone Script, se te abrirá una pantalla en la que puedes escribirlo tu, o puedes seleccionar el archivo.
Muestra de donde está: 